Po zakończeniu trasy Alver opuścił zespół, a rolę basisty przejął Ihsahn.
Następny album IX Equilibrium, wydany w 1999 roku był również określany jako przełomowy – był inicjatorem gatunku określanego jako „blackened death metal”, czyli połączenia black i death metalu. Wydaniu płyty towarzyszyła zakrojona na szeroką skalę trasa koncertowa, w trakcie której zespół występował jako specjalny gość Morbid Angel w Europie, a w Stanach Zjednoczonych rozpoczynał koncerty z Kings of Terror. Trasa ta została zarejestrowana i wydana na DVD Emperial Live Ceremony oraz jako płyta kompaktowa. thumb|Tomas „Samoth” Haugen, 2014 W 2001 roku grupa wydała czwartą i ostatnią płytę Prometheus – The Discipline of Fire & Demise. Do utworu Empty zrealizowano teledysk. Równocześnie z wydaniem albumu, zespół ogłosił zakończenie kariery, spowodowane rozbieżnościami stylistycznymi jego członków. W 2003 roku została wydana dwupłytowa kompilacja „best of” Scattered Ashes: A Decade of Emperial Wrath. We wrześniu 2005 roku Emperor niespodziewanie pojawił się w Oslo, zapowiadając swój powrót.