Po wydaniu albumu Mortiis opuścił zespół, a na jego miejsce został przyjęty Terje Vik „Tchort” Shei.
Reakcje podziemnej prasy metalowej na temat dotychczasowej twórczości zespołu były bardzo pozytywne, a sam Emperor zajął się nagrywaniem swojego debiutanckiego albumu In the Nightside Eclipse, wydanego ostatecznie w 1994 roku. Dzięki niemu zespół uzyskał ogólnoświatowe uznanie i liczne grono fanów. W tym czasie w Norwegii odnotowano liczne przestępstwa, głównie na tle antychrześcijańskim, w które zamieszani byli muzycy zespołu. Z tego powodu w 1994 roku Faust, Samoth i Tchort zostali skazani na kary pozbawienia wolności od roku do dwóch lat, a w przypadku Fausta było to 14 lat (z których odbył 9).
W 1996 roku grupa w składzie z Ihsahnem, Samothem oraz nowymi muzykami – gitarzystą basowym Jonasem Alverem i perkusistą Trymem Torsonem nagrała minialbum Reverence, będący zapowiedzią drugiego albumu Anthems to the Welkin at Dusk. Płyta została Albumem Roku w wielu czasopismach metalowych na całym świecie (m.in. w brytyjskim Terrorizer czy amerykańskim Metal Maniacs). Po wydaniu płyty Emperor odbył szeroką trasę koncertową, grając m.in. na festiwalach Dynamo Open Air czy Milwaukee Metalfest w 1998 roku.