Działalność jako prefekt departamentu bydgoskiego Antoni Gliszczyński z dniem 24 stycznia 1808 r. objął stanowisko prefekta departamentu bydgoskiego. Jako prefekt był przełożonym władz administracyjnych na podległym terenie, podporządkowanym bezpośrednio Ministrowi Spraw Wewnętrznych. Do zakresu jego działania należały wszystkie sprawy z wyjątkiem sądownictwa i spraw wojskowych. Sprawował ogólny nadzór nad administracją, zarządzał sprawami oświaty, skarbu, bezpieczeństwa publicznego, ochrony zdrowia i gospodarki.
W czasie wojny polsko-austriackiej w 1809 został powołany na stanowisko naczelnika powstania departamentowego. Jego zadaniem było zorganizowanie miejscowych sił zbrojnych składających się z pospolitego ruszenia szlachty, gwardii narodowej i pułku strzelców, celem obrony departamentu przed wojskami nieprzyjacielskimi. Pomimo apeli i odezw prefekta, formowanie miejscowych oddziałów zbrojnych postępowało wolno. W czasie działań wojennych w 1809 r. nie podjął obrony Bydgoszczy przed wojskami austriackimi, ewakuując się do Chełmna. Za takie postępowanie został chwilowo zawieszony w czynnościach i pociągnięty do odpowiedzialności służbowej.