Wkroczenie wojsk napoleońskich na ziemie polskie zapoczątkowało nowy etap w politycznej aktywności Gliszczyńskiego. Opowiadał się za wprowadzeniem na ziemie polskie konstytucji i innych praw francuskich. Włączył się także do organizowania władz administracyjnych Księstwa Warszawskiego. Został członkiem Izby Najwyższej Wojennej i Administracyjnej. Od 16 lutego do 2 maja 1807 r. był członkiem Izby Administracyjnej Departamentu Warszawskiego. 26 grudnia 1807 r. został mianowany prefektem departamentu bydgoskiego. W czasie wojny polsko-austriackiej, jako naczelnik siły zbrojnej swojego departamentu wydał 23 kwietnia 1809 odezwę wzywającą do tworzenie pospolitego ruszenia. Na stanowisku prefekta pozostawał do stycznia 1813 r., kiedy opuścił Bydgoszcz zagrożoną zajęciem przez wojska rosyjskie.