Pasażerowie, którzy próbowali się uratować, zostali uwięzieni. O godzinie 1:22 nadane zostało przez załogę wezwanie MaydayBodell (1995), s. 13., jednak jego forma nie spełniała międzynarodowych norm. Komunikacja ustała około 01:29The Joint Accident Investigation Commission of Estonia, Finland and Sweden (1997): Final Report on the Capsizing on 28 September 1994 in the Baltic Sea of the Ro-ro Passenger Vessel MV Estonia; , kap 7, tabell 7.3.. Z powodu braku zasilania i silnego przechyłu akcja ratownicza na promie była spowolniona i utrudniona. Statek zniknął z ekranów radarów około 1:50. Mariella dotarła na miejsce tragedii około 2:12; pierwszy helikopter o 3:05.
Lokalizacja wraku to i 22 mile morskie (41 kilometrów) w kierunku 157° od fińskiej wyspy Utö. Statek spoczywa na głębokości pomiędzy 74 a 88 metrów.