Wszystkie statki pływały rozkładowo.
Oficjalny raport stwierdza, że choć dokładna prędkość promu podczas wypadku nie jest znana, Estonia miewała regularne czasy przebiegu ze średnią prędkością 16–17 węzłów, co mogłoby sugerować, że nie zwalniała w niekorzystnych warunkach pogodowych. Pierwszy oficer promu pasażerskiego MS „Mariella” wyznaczył prędkość Estonii za pomocą radaru. Wynosiła około 14,2 węzła tuż przed tragedią. Oficerowie „Silja Europy” około północy wyznaczyli prędkość Estonii na 14–15 węzłów.
Pierwszymi oznakami problemów był głośny odgłos tarcia metalu o metal około 1:00. Właśnie wtedy statek mijał archipelag Turku. Podczas oględzin furty dziobowej nie wykryto żadnych uszkodzeń. Około godziny 1:15 furta oderwała się od kadłuba; statek nabrał silnego przechyłu na prawą burtę. Około 1:20 przez megafony wypowiedziano słabym, damskim głosem słowa: „Häire, häire, laeval on häire”, co po estońsku oznacza „Alarm, alarm, alarm na pokładzie”. Wkrótce w ten sam sposób zaalarmowano załogę. Niedługo po tym na statku został ogłoszony generalny alarm ratunkowy. Przechył zwiększył się do 30–40 stopni na prawą burtę co sprawiło, że nie można było już się bezpiecznie przemieszczać po pokładzie statku. Drzwi oraz przejścia zostały zablokowane, aby uniemożliwić ewentualne przelewanie się wody.