Na początku lat 60. XX wieku w łonie przywódców społeczności nastąpił konflikt dotyczący sposobu pracy i zarządzania zborem. Wobec niebezpieczeństwa podziału, zarząd Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego postanowił o powołaniu Kazimierza Murantego jako komisarycznego zarządcę zboru, który sprawował funkcję pełniącego obowiązki pastora przełożonego w okresie 1962-1965. Napięcia we wspólnocie zostały zażegnane dzięki zorganizowanemu 16 maja 1965 zebraniu jej członków, na którym zdecydowano o ustanowieniu przewodniczącym zboru Jerzego Sacewicza z zastępcami: Pawłem Bajeńskim, Bolesławem Winnik, Witoldem Omeljanowiczem.
Na jesieni 1965 do Warszawy powrócił Jerzy Bajeński, który odbywał wcześniej studia w Stanach Zjednoczonych. Doprowadził on do rozwoju działalności zboru przy ul. Puławskiej, jak również do zintensyfikowania pracy wśród młodzieży na niwie ogólnokościelnej, którą był m.in. rozwój działalności letnich i zimowych obozów.