Budynek był wówczas odbudowany tylko częściowo, była możliwość korzystania tylko z jednej klatki schodowej, a z części kamienicy od strony ul. Malczewskiego pozostały nadal jedynie fundamenty.
W dniach 13–15 sierpnia 1948 roku zorganizowano tutaj tu XII Ogólnopolski Zjazd Zjednoczenia Kościołów Chrystusowych, a w listopadzie odbył się kurs dyrygentury.
W 1949 roku do stolicy przeprowadziły się kolejne rodziny współwyznawców, przeniesiono tu także Seminarium Teologiczne Zjednoczenia Kościołów Chrystusowych, które działało do tej pory w Lidzbarku Warmińskim. Następował stały wzrost liczby członków zboru, którego pastorem przełożonym pozostawał Jerzy Sacewicz.
Aresztowanie działaczy 19 września 1950 przez organy Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego przeprowadzona została Akcja „B”, w wyniku której nastąpiły aresztowania działaczy Kościoła, a kaplica wraz z kancelarią zostały zamknięte i opieczętowane. Zablokowane zostały również kościelne konta bankowe. Zbór pozbawiony został możliwości otwarcia nowej kaplicy położonej na parterze budynku przy ul. Puławskiej, co planowano na 1 grudnia 1950. Wspólnocie zostało również odebrane prawo do odbudowy kamienicy, a do jej pomieszczeń zostali wprowadzeni nowi lokatorzy, niezwiązani ze Zjednoczeniem Kościołów Chrystusowych.