w 2011 roku z uwagi na spodziewaną niską frekwencję pasażerów postanowiono przełożyć realizację tego projektu na okres po 2015 roku, a w zamian wybudować nowe przystanki Bydgoszcz BłonieKrzysztof Aładowicz "W Bydgoszczy powstaną nowe stacje kolejowe [WIZUALIZACJE]” [dostęp 15.10.2013], Bydgoszcz Wilczak, Otorowo i ew. Nieszawka oraz przesunąć przystanek w Cierpicach; ostatecznie zrealizowano tylko przystanek Bydgoszcz Błonie, przebudowano przystanki Bydgoszcz Leśna i Bydgoszcz Bielawy oraz zbudowano nowy wiadukt nad ul. Grunwaldzką, oddany do użytku 3 września 2015 roku); Budowa węzła przesiadkowego Toruń Miasto i tunelu oraz drugiego toru kolejowego pod placem Pokoju Toruńskiego w Toruniu (ostatecznie zrealizowano tylko węzeł przesiadkowy Toruń Miasto); Rewitalizacja dworców kolejowych w Toruniu; Budowa tunelu pod torami w Solcu Kujawskim (zrealizowano jako pierwsze zadanie); Stworzenie elektronicznego systemu pobierania opłat oraz integracja taryfowa komunikacji w Bydgoszczy i Toruniu; Zakup nowoczesnych tramwajów niskopodłogowych (po 12 tramwajów w każdym z miast, Bydgoszcz podpisała umowę z firmą Pesa na dostawę 12 tramwajów Swing w wersji wąskotorowej;