Działalność ekspedycji udokumentował tworząc kopie inskrypcji oraz inwentarz zabytków. Wywiózł także z Egiptu do Prus w 194 skrzyniach 15 tys. obiektów, które wzbogaciły zasoby Muzeum Egipskiego w Berlinie. Jego uczeń i biograf Georg Ebers wytykał mu w wiele lat później, że pozyskiwał je często brutalnymi metodami, wprost wycinając fragmenty większych zabytków, a nawet używając dynamitu. Będące plonem wyprawy dzieło Denkmäler Ägyptens und Äthiopiens zostało w latach 1849-1859 opublikowane w 12 tomach z 894 planszami.
Późniejsze dokonania Po powrocie do kraju Lepsius zyskał sławę, przyjmowany był na dworze królewskim, rektor Uniwersytetu Berlińskiego mianował go profesorem zwyczajnym, a Pruska Akademia Nauk powołała do grona swoich członków. Ożenił się wówczas z Elisabeth Klein, z którą miał czterech synów i dwie córki. W 1855 został zastępcą dyrektora, a w 1865 – dyrektorem Muzeum Egipskiego w Berlinie. W 1866 podjął trud jeszcze jednej wyprawy do Egiptu: dotarł do wschodniej części delty Nilu i rejonu Suezu, odkrywając tam dwujęzyczny tekst, tzw. Dekret z Kanopos, którego odczytanie pozwoliło ostatecznie potwierdzić metodę Champolliona. Ze względu na stan wojny w jakim znalazły się Prusy, wyprawa musiała wkrótce przerwać działalność i powrócić.