wieku 12 lat zaczął uczyć się handlu w branży swojego ojca poświęcając na to 14 godzin dziennie.
Podczas tych lat John był pod silnym wpływem pobożności swojego ojca, który trzy razy dziennie chodził do pustego pomieszczenia swojego domu gdzie zanosił modlitwy za swoją rodzinę przed Bogiem. Podczas swojego dzieciństwa John otrzymał powołanie od Boga aby zostać misjonarzem. Ostatecznie Przeprowadził się do Glasgow (czterdzieści mil na piechotę do Kilmarnock a potem pociągiem do Glasgow), gdzie również podjął studia teologiczne i medyczne. Przez kilka lat pracował w dystrybucji traktatów, nauczał w szkole, jak również służąc jako misjonarz w zdegradowanej części miasta Glasgow.
Paton został ordynowany przez kościół Reformowanych Prezbiterian (Reformed Presbyterian Church) 23 marca 1858. 2 kwietnia w Coldstream, Berwickshire, Scotland John G. Paton poślubił Mary Ann Robson a 14 dni później, 16 kwietnia, towarzyszył mu Joseph Copeland. We dwoje pożegnali Szkocję i odpłynęli na południowy Pacyfik.
Rozstanie Poniższy fragment został napisany pod koniec życia autora i pochodzi on z książki pt. „Missionary Patriarch”: The True Story of John G. Paton. Stanowi on doskonały przykład relacji między ojcem a synem.