W niewielkiej ilości wyprodukowano wersję Jak-25K, uzbrojoną w system rakietowy K-5 z kierowanymi pociskami powietrze-powietrze RS-1U, dla zastosowania których stację radiolokacyjną zamieniono na zmodyfikowaną Izumrud. Samolot przenosił 4 pociski pod wewnętrznymi częściami skrzydeł. Po próbach w 1955 roku, został przyjęty na uzbrojenie równolegle z MiG-17PFU. Łącznie z systemem rakietowym, samolot był oznaczony jako kompleks Jak-25K-5. Prowadzono też w 1956 roku próby Jaka-25K z pociskami K-75 (kompleks Jak-25K-75), następnie K-7Ł (kompleks Jak-25K-7Ł, przenosił 2 pociski) i K-8 (kompleks Jak-25K-8, nazywany też Jak-25S K-8, przenosił 2 pociski), lecz nie przyjęto ich na uzbrojenie.
Łącznie w latach 1954–1957 zbudowano 483 seryjne samoloty Jak-25, z tego 406 Jak-25M i 10 Jak-25R.
Wersje rozpoznawcze i inne Równolegle z myśliwcem, opracowano wariant rozpoznawczy samolotu Jak-25R (oznaczenie fabryczne Jak-125), oblatany jesienią 1953 roku. Początkowo w prototypie drugi członek załogi - nawigator miał miejsce w kabinie za pilotem, z wyciętymi oknami w dolnej części, lecz następnie na skutek kiepskiej widoczności, przeniesiono jego miejsce do częściowo oszklonego nosa kadłuba, w miejsce radaru. Były tam też rozmieszczone aparaty fotograficzne AFA-33 i AFA-39, ze zmiennymi obiektywami.