Od początku 1955 roku produkowano docelowy najliczniejszy wariant myśliwski Jak-25M, wyposażony w stację radiolokacyjną RP-6 Sokoł, która przeszła wcześniej badania na Ła-200. Wprowadzono też na nim inne ulepszenia, jak hamulce wylotowe luf działek i lepsze silniki 2. serii. Próby państwowe Jaka-25M zakończono w kwietniu 1954 roku. Część samolotów wyposażonych w aparaturę naprowadzania Gorizont-1 oznacza się czasami Jak-25MG. Wersje myśliwskie Jaka-25 otrzymały w kodzie NATO oznaczenie Flashlight-A (literę A dodano po pojawieniu się Jak-27).
W stadium prototypu pozostał wariant rozwojowy myśliwca Jak-120M, wyposażony w mocniejsze silniki RD-9 (AM-9A) o ciągu 2650 kG (3250 kG z dopalaniem). Miał być uzbrojony w niekierowane pociski rakietowe powietrze-powietrze ARS-57 lub TRS-90 i 2 działka 23 mm. Prowadzono jego próby państwowe w 1955 roku, podczas których osiągnięto prędkość maksymalną 1122 km/h na 5000 m. Na skutek jednak niedopracowania ulepszonego radaru Sokoł-M i szybkiego rozwoju techniki lotniczej oraz pojawienia się myśliwców ponaddźwiękowych, zrezygnowano z jego dalszego rozwoju.