Z czasem jednak, gdy akademie uzyskały dominującą pozycję w życiu artystycznym, ich konserwatyzm oraz autorytarny sposób nauczania zaczęły budzić sprzeciw ze strony środowisk twórczych. Coraz częściej kwestionowano ideę nauczania sztuki poprzez ścisłe przestrzeganie ustalonych reguł i wzorców. Akademie określano mianem „fabryk miernot”, zarzucając im tłumienie indywidualności i kreatywności artystów.
Krytycy wskazywali, że rygorystyczne metody dydaktyczne, oparte na mechanicznej nauce rysunku z gipsowych odlewów, ograniczają swobodę twórczą i indywidualny charakter artysty. Ścisłe trzymanie się reguł kompozycyjnych i formalnych miało, według nich, prowadzić do zahamowania samodzielnych poszukiwań w zakresie kompozycji, kolorytu oraz techniki malarskiej.
W drugiej połowie XIX wieku akademizm stopniowo tracił znaczenie, ustępując miejsca nowym prądom artystycznym, takim jak realizm, impresjonizm czy symbolizm. Ostateczny zmierzch jego dominacji nastąpił w latach dziewięćdziesiątych XIX wieku. Po 1900 roku akademizm utracił dawny prestiż i wpływy, jednak w XX wieku, zwłaszcza w latach 70., zainteresowanie jego dorobkiem powróciło w kontekście refleksji nad tradycją i warsztatem artystycznym.