Wydział III Matematyczno-Fizyczno-Chemiczny Komisja Astrofizyki PAU Komisja Nauk Technicznych PAU Komisja Układów Złożonych PAU
Wydział IV Przyrodniczy Komisja Nauk Rolniczych, Leśnych i Weterynaryjnych PAU Komisja Paleogeografii Czwartorzędu PAU Komisja Embriologii i Morfologii PAU Komisja Geoinformatyki PAU Komisja Geograficzna PAU
Wydział V Lekarski Wydział VI Twórczości Artystycznej
Komisje Międzywydziałowe PAU o Charakterze Interdyscyplinarnym Komisja Antropologiczna PAU Komisja Zagrożeń Cywilizacyjnych PAU Komisja Historii Nauki PAU Komisja PAU do Oceny Podręczników Szkolnych Komisja Spraw Europejskich PAU Komisja Rozwoju Miasta Krakowa PAU i PAN Komisja Filozofii Nauk PAU Komisja PAU Fides et Ratio Komisja PAU do Badań Diaspory Polskiej Komisja PAU Etyki w Nauce Komisja Przyrodniczo-Medyczna z Siedzibą we Wrocławiu Komisja Międzynarodowa – Polska Grupa CIHEC