Pomimo iż Akademia była stowarzyszeniem wyższej użyteczności publicznej, to z tytułu posiadanych majątków rolnych i leśnych płaciła podatki w pełnej wysokości.
Po II wojnie światowej niezależna od państwa instytucja naukowa była władzom wysoce niewygodna. W 1948 roku ogłosiły one zamiar powołania Polskiej Akademii Nauk, a wobec PAU zastosowano restrykcje: finansowe, cenzuralne, ograniczono jej kontakty z zagranicą, zablokowano wydawnictwa. Placówki badawcze, wydawnictwa, zbiory, pamiątki i majątek PAU zabrano i przekazano PAN.
W latach 1957–1958 uczeni podjęli próbę odtworzenia PAU, na co władze odpowiedziały powołaniem w Krakowie oddziału PAN. Odbudowę PAU umożliwiła dopiero zmiana ustroju w 1989 r. Odtworzyła ją grupa członków na podstawie dawnego statutu, z zachowaniem ciągłości organizacyjnej i odwołując się do tradycyjnych form działania.
Prezesi PAU Kolejnymi prezesami PAU byli: Józef Majer (1872–1890) Stanisław Tarnowski (1890–1917) Kazimierz Morawski (1917–1925) Jan Michał Rozwadowski (1925–1929) Kazimierz Kostanecki (1929–1934) Stanisław Wróblewski (1934–1938) Stanisław Kutrzeba (1939–1946) Kazimierz Nitsch (1946–1957) Adam Krzyżanowski (1957–1958) Gerard Labuda (1989–1994) Kazimierz Kowalski (1994–2001) Andrzej Białas (2001–2018) Jan Ostrowski (od 2018)