Niektórzy historycy zarzucają mu jednak dwulicowość i pozostawanie w układzie z ambitnym Filipem Orleańskim, kuzynem króla, który liczył na przejęcie tronu w rewolucyjnym zamęcie. Przeciw tej tezie przemawia radykalizm wydawanych przez niego wówczas pism – cyklu ulotek Przemówienia prokuratora latarmi oraz gazety Rewolucje Francji i Brabancji, zamkniętej w 1791 za ultraradykalizm właśnie.
Członek Konwentu Mimo istotnego wzrostu popularności Desmoulins przegrał również wybory do Legislatywy w 1791 i dopiero rok później został członkiem francuskiego parlamentu, Konwentu. Jako protegowany Dantona uzyskał stanowisko sekretarza w kierowanym przez niego ministerstwie sprawiedliwości. W Konwencie oficjalnie deklarował się jako polityk „Góry”, jednak nie należał do postaci pierwszoplanowych. Miał jednakże swój walny udział w obaleniu Żyrondy poprzez wymierzone w tę grupę, często kłamliwe pamflety. Do lipca 1793 popierał linię polityczną reprezentowaną przez Komitet Ocalenia Publicznego, jednak przerażony rozwijającym się terrorem przeszedł na pozycje bardziej umiarkowane. W grudniu 1793 roku wydał pierwszy numer nowego czasopisma Stary kordelier. Początkowo atakował głównie środowiska ultraradykalne z Hébertem na czele, jednak szybko zaczął poddawać krytyce także działania Robespierre’a i jego zwolenników.