W 1616 roku wybudowano kolejną synagogę, nazwaną na cześć rabina lubelskiego Meira ben Gedalii, zwanego Maharamem.
Najtragiczniejszym momentem tamtego okresu w historii lubelskiej gminy żydowskiej jest najazd kozacko-moskiewski w 1655 roku. Wówczas wymordowano około 2000 Żydów oraz doszczętnie zniszczono miasto żydowskie i synagogę na Podzamczu. Ocaleni Żydzi zaczęli wynajmować lokale mieszkaniowe w dzielnicy chrześcijańskiej od bogatych mieszczan oraz duchowieństwa, którzy liczyli na duże zyski.
W XVII wieku duża grupa Żydów zaczęła się osiedlać również na Kalinowszczyźnie, która była podkahałem gminy lubelskiej. Wkrótce przy obecnej ulicy Towarowej wzniesiono synagogę.
XVIII i XIX wiek thumb|Dzielnica żydowska i zamek na rysunku z 1810 roku W drugiej połowie XVIII wieku odrodziła się lubelska gmina żydowska i już w 1787 roku w mieście mieszkało 4231 osób wyznania mojżeszowego. Na początku XVII wieku Żydzi zaczęli się osiedlać na Piaskach, gdzie posiadali własną synagogę oraz w Wieniawie, gdzie również była osobna synagoga.
Na początku XIX wieku w Lublinie za sprawą Jakuba Izaaka Horowitza nastąpił znaczny rozwój chasydyzmu. W 1794 otworzył on własną synagogę. Była to pierwsza legalna chasydzka bożnica w centralnej Polsce.