Około 1541 roku założono cmentarz, w późniejszym okresie zwany starym.
W 1547 roku z inicjatywy Chaima Szwarca założono, pierwszą w Lublinie oraz jedną z pierwszych w Polsce, drukarnię hebrajską. Drugą drukarnię założono w 1578 roku przez Kalonimusa, syna Mordehaja Jaffe. Obydwie zdobyły wielką sławę w ówczesnej Polsce, jak i Europie Środkowej.
Jednym z największych dokonań gminy żydowskiej w tym czasie było wzniesienie w 1567 roku jesziwy oraz Wielkiej Synagogi, nazwanej w późniejszym okresie synagogą Maharszala, na cześć rabina i rektora Salomona Lurii. W 1581 roku powstał, działający do 1764 roku, Sejm Czterech Ziem (hebr. Waad Arba Aracot).
W okresie XVI wieku w mieście działało wielu wybitnych talmudystów, m.in. Meir Aszkenazy, Mordehaj Jaffe czy Meir ben Gedalia. W 1568 roku mieszkało w Lublinie około 500 Żydów. W tym samym roku miasto żydowskie w Lublinie otrzymało przywilej De non tolerandis Christianis.
W 1587, wśród powszechnego entuzjazmu, rabin Saul Wahl został okrzyknięty przez szlachtę królem. Jego panowanie miało trwać tylko jedną noc, miał wtedy wydać wiele nowych praw i przywilejów poprawiających położenie Żydów w Polsce.
W 1602 roku w Lublinie żyło około 2000 Żydów.