Tymczasem „Kormoran” również skazany był na zagładę. Pozbawiony napędu, z ogniem gwałtownie zbliżającym się do magazynu min, był nie do uratowania. Detmers musiał nakazać opuszczenie okrętu. Założono ładunki wybuchowe i pozostali przy życiu marynarze zeszli do łodzi ratunkowych (później, na wzburzonym morzu, jedna z nich – wypełniona głównie ok. 40 rannymi – przewróciła się i zatonęła). Krótko po północy ładunki wybuchowe eksplodowały, a w 25 minut później wyleciały w powietrze miny. Całe śródokręcie i rufa zamieniła się w morze ognia (płomienie strzelały na 300 metrów w niebo), a „Kormoran” poszedł na dno rufą naprzód.
Detmers i około 320 członków załogi zostało uratowanych przez australijskie statki „Yandra”, „Koolinda” i „Centaur”. Do końca wojny pozostali oni w australijskich obozach jenieckich i uzyskali zwolnienie w roku 1947.
Zatopienie dużego i nowoczesnego krążownika przez uzbrojony statek handlowy było wydarzeniem bez precedensu w historii wojen na morzu. Fakt, że jedynymi świadkami bitwy i zagłady „Sydney” byli członkowie załogi „Kormorana”, doprowadził po wojnie do zrodzenia się wielu kontrowersji (m.in. na temat, czy „Kormoran” rozpoczynając ostrzał, występował jako wojenna jednostka niemiecka), spekulacji i teorii konspiracyjnych, jak np.