13 października 2023 stacja telewizyjna TVP Info opublikowała nagranie, na którym znajduje się rozmowa prezesa NIK Mariana Banasia z byłym wiceprzewodniczącym Trybunału Stanu Markiem Chmajem na temat kontroli nad Konfederacją i startu z jej listy wyborczej jego syna Jakuba Banasia, w celu zapobieżenia wejścia Konfederacji w koalicję z PiS.
W listopadzie 2025 prokurator Prokuratury Regionalnej w Białymstoku przedstawił mu zarzuty nakłaniania do ujawnienia przez funkcjonariuszy Krajowej Administracji Skarbowej osobie nieuprawnionej informacji objętych tajemnicą skarbową, a także podżegania do przekroczenia uprawnień lub niedopełnienia obowiązków przez funkcjonariusza publicznego w celu osiągnięcia korzyści majątkowej lub osobistej. Marian Banaś nie przyznał się do popełnienia zarzucanych mu czynów i określił je mianem „nagonki politycznej”.
Życie prywatne Żonaty, ojciec czwórki dzieci. W 2004 jego 21-letni wówczas syn Bartłomiej zginął w Pirenejach.
Jest karateką (stopień 1 dan uzyskany w 2013) i trenerem karate.