Kontrowersje 21 września 2019 magazyn śledczy Superwizjer (TVN24) wyemitował reportaż sugerujący związki Mariana Banasia ze światem przestępczym. 23 września 2019 Marian Banaś „zawiesił swoją działalność w NIK” do czasu zakończenia przeprowadzanej przez Centralne Biuro Antykorupcyjne kontroli jego oświadczeń majątkowych. Po wyborach parlamentarnych z 13 października 2019 zaczęły pojawiać się doniesienia w niektórych mediach, jakoby złożył rezygnację z pełnienia funkcji prezesa Najwyższej Izby Kontroli, ale zostały one zdementowane. 17 października 2019 Marian Banaś powrócił z bezpłatnego urlopu do wykonywania swoich obowiązków prezesa NIK.
W związku z ustaleniami kontroli, 29 listopada 2019 Centralne Biuro Antykorupcyjne skierowało do prokuratury zawiadomienie o możliwości popełnienia przestępstwa przez Mariana Banasia, wskazując na podejrzenie złożenia przez Mariana Banasia nieprawdziwych oświadczeń majątkowych, zatajenie faktycznego stanu majątkowego oraz nieudokumentowanych źródeł dochodu.