Panowanie Podiebradów trwało do 1569 roku, z przerwą na lata 1542–1551, gdy powróciło we władanie Piastów, po objęciu przez księcia Fryderyka II legnickiego w 1542. Po zrzeczeniu się praw do korony węgierskiej, od 1551 do 1559 nominalną księżną ziębicką była królewna polska Izabela Jagiellonka. Po 1569 roku księstwo ponownie stało się własnością koronną. W dniu 30 maja 1570 roku na zamku w Pradze stany księstwa ziębickiego złożyły hołd lenny cesarzowi Maksymilianowi II Habsburgowi. Cesarz nadał księstwu konstytucję krajową, w której zobowiązał się do zachowania wszystkich dotychczasowych przywilejów, oraz przyrzekł stanom, że księstwo ziębickie z Ziębicami i Ząbkowicami Śl. na zawsze pozostanie przy koronie czeskiej i nie będzie przedmiotem zastawu ani sprzedaży. Od 1570 roku księstwem w imieniu cesarza administrował starosta krajowy. W 1654 r. cesarz Ferdynand III Habsburg za zasługi dla dworu habsburskiego w wojnie trzydziestoletniej nadał księstwo ziębickie w dziedziczne posiadanie księciu Johannowi Weikhardowi von Auerspergowi. Auerspergowie rządzili w księstwie aż do 1791 roku. W 1740 r. wojska pruskie pod dowództwem króla Fryderyka II niespodziewanie zajęły Śląsk rozpoczynając trwające do 1763 roku wojny śląskie.