Mikołajki liczyły 2637 mieszkańców. mały|Panorama miasta współcześnie W części Mikołajek po zachodniej stronie Jeziora Mikołajskiego w czasie II wojny światowej znajdowała się placówka Abwehry o kryptonimie Walli II. Placówka ta od 1940 zbierała informacje na temat ZSRR, a z chwilą przeniesienia kwatery głównej Hitlera do lasu koło Kętrzyna przekazywała je bezpośrednio do Wilczego Szańca. Przed nalotami dywanowymi na Królewiec w sierpniu 1944, ze stolicy prowincji do Mikołajek ewakuowano archiwa samorządowe, jeszcze przed wkroczeniem Armii Czerwonej.
W 1945 miasto zostało włączone do Polski, uruchomiono zakłady stolarki budowlanej, mleczarnię, młyn, powstała Spółdzielnia Przemysłu Ludowego i Artystycznego „Tkanina”Jan Bałdowski „Warmia i Mazury, mały przewodnik” Wydawnictwo Sport i Turystyka Warszawa 1977 s. 135–136.. Zamieszkująca Mikołajki ludność niemiecka została wysiedlona, a na jej miejsce osiedlono Polaków, głównie wysiedleńców z Kresów Wschodnich.