W maju 2009 roku Szwed doszedł do finału wielkoszlemowego Rolanda Garrosa, pokonując po drodze m.in. Davida Ferrera, obrońcę tytułu Rafaela Nadala, Nikołaja Dawydienkę i Fernando Gonzáleza. W finale przegrał wynikiem 1:6, 6:7(1), 4:6 z Rogerem Federerem. W połowie lipca wygrał turniej na ziemnych kortach w Båstad. Mecz finałowy zakończył się zwycięstwem Söderlinga nad Juanem Mónaco. We wrześniu Szwed awansował do ćwierćfinału US Open, eliminując wcześniej m.in. Nikołaja Dawydienkę; przegrał z Federerem. Do końca roku osiągnął również ćwierćfinały rozgrywek ATP World Tour Masters 1000 w Szanghaju (porażka z Feliciano Lópezem) oraz Paryżu (porażka z Novakiem Đokoviciem). Na koniec roku zakwalifikował się po raz pierwszy w karierze do kończącego sezon turnieju ATP World Tour Finals. Z fazy grupowej Söderling wyszedł na pierwszym miejscu po wygranych pojedynkach nad Nadalem i Đokoviciem, jednak w półfinale został pokonany przez Juana Martína del Potro.