W praktyce działalność wewnętrzna Zakonu przejawiała się w rekolekcjach, a zewnętrzna w odczytach.
Okupacja niemiecka Założyciel Zakonu, kpt. dypl. W. Polesiński, zginął jeszcze podczas wojny obronnej 1939 r. zestrzelony 16 września 1939 r. w rejonie Brześcia nad Bugiem. Pozostali członkowie, którzy nie dostali się do niewoli i pozostali w kraju, podjęli w 1940 r. działalność konspiracyjną pod nazwą Zakon Krzyża i Miecza. Organizację w podziemiu tworzyli: Jan Herbich, Zygmunt i Ludwik Kaczanowscy, Ludwik Kłobukowski, Zbigniew Kurzyna, Władysław Niedenthal, Stanisław Popiel, Saturnin Jarmulski; współpracowali z nimi m.in. ks. Jan Zieja i Zofia Kossak-Szczucka. Konspiracyjnymi organami prasowymi Zakonu były pisma „Polska Zbrojna Moralnie”, „O Polskę Chrystusową” i „W Służbie”D. Miszewski D.: Ład międzynarodowy w ideologii Rycerskiego Zakonu Krzyża i Miecza w czasie drugiej wojny światowej, „Saeculum Christianum” 2015, t. 22. Blisko współpracowano z Frontem Odrodzenia Polski, ale utrzymywano też kontakty z Robotniczą Partią Polskich SocjalistówJ. Mulak, Polska lewica socjalistyczna 1939–1944, Warszawa 1990, s. 442. Działacze Zakonu, w tym przede wszystkim rtm. J. Włodarkiewicz, zakładali inną podziemną organizację – Tajną Armię Polską. W 1942 r.