Organizacyjnie Zakon miał być niezależny od innych struktur. Opierał się na zasadach "jednolitości duchowej", bezwzględnego posłuszeństwa i poufności (do organizacji nie można było wstąpić, a jedynie zostać zaproszonym). Zakon opierał się na systemie piątkowym. Pod względem organizacyjnym dzielił się na regimenty (warszawski i poznański, w stadium organizacji wileński), chorągwie (np. Chorągiew Politechniki Warszawskiej) i sekcje; wyodrębniony był też Samodzielny Korpus Akademicki. W czerwcu 1938 r. zaczął ukazywać się miesięcznik „Krzyż i Miecz”, wydawany na prawach rękopisu przez Zbigniewa Kurzynę jako organ wewnętrzny ruchu, w kwietniu 1939 r. pojawiło się pismo zewnętrzne „Biuletyn Dozbrojenia Moralnego Narodu” (redaktor Ludwik Tyborowski).
RZKM stawiał sobie za cel krzewienie idei „mocnego człowieka – przodownika moralnego” przez wychowanie członków w duchu samodyscypliny oraz ich oddziaływanie na swoje otoczenie. Członkowie mieli prowadzić samowychowawczą pracę nad sobą dbając o nieustanne doskonalenie się w życiu codziennym. Oznaczało to przede wszystkim osobiste apostolstwo w swym otoczeniu poprzez przykład i działalność społeczną w innych organizacjach, ale też oddziaływanie poprzez środki masowego przekazu i kulturę masową.