W czasie II wojny światowej, w chwili ataku Niemiec w czerwcu 1941 roku Flota Bałtycka liczyła: 2 pancerniki, 2 krążowniki, 21 niszczycieli, 69 okrętów podwodnych, 6 stawiaczy min, 33 trałowce, 7 dozorowców, 2 kanonierki, 48 kutrów torpedowych i mniejsze jednostki pomocnicze oraz 659 samolotów. Już w pierwszych tygodniach walk flota poniosła dotkliwe straty w okrętach, przede wszystkim od niemieckich min, a także lotnictwa, okrętów podwodnych i kutrów torpedowych, przy braku starć z większymi okrętami przeciwnika. W związku z szybkimi postępami wojsk niemieckich zaszła konieczność ewakuacji baz w Lipawie, Windawie i Rydze, a w końcu Tallinna. W czasie ewakuacji z głównej bazy w Tallinie pod koniec sierpnia, Flota poniosła bardzo ciężkie straty w okrętach (zatopionych przez miny i lotnictwo 68 okrętów i statków, w tym: 5 niszczycieli, 3 dozorowce, 5 trałowców, 2 okręty podwodne, 46 transportowców) oraz ludziach. Ocalałe siły były ewakuowane do twierdzy Kronsztad chroniącej Leningrad. Dalsze straty, w tym trzy niszczyciele, pociągnęła ewakuacja bazy Hanko między 26 października a 3 grudnia 1941 roku.