Jednak już wkrótce wybuchło w 1921 powstanie w Kronsztadzie, zorganizowane przez rozczarowanych terrorem bolszewików marynarzy Floty Bałtyckiej. Powstanie zostało krwawo stłumione. W 1928 flota została wyróżniona orderem Czerwonego Sztandaru. W okresie międzywojennym Flota była przezbrajana w nowe okręty. Wyposażono ją w samoloty, działa obrony wybrzeża dalekiego zasięgu. W latach trzydziestych sztab i bazy Floty Bałtyckiej stały się organizatorem Floty Północnej i Floty Oceanu Spokojnego. Flota Bałtycka była najsilniejszą z radzieckich flot.
Flota ta wzięła udział w wojnie radziecko-fińskiej, ostrzeliwując fińskie baterie nadbrzeżne. Flota współdziałała z wojskami Leningradzkiego Okręgu Wojskowego w natarciu na przesmyku Karelskim. Lotnictwo Floty przeprowadziło bombardowanie cywilnej ludności Helsinek.