Odtąd zasięg prac budowlanych nad nową świątynią kierował się ku zachodowi, tym samym kościół romański został ostatecznie zniesiony. Parlerowi przysługuje się ukończenie wzniesienia prezbiterium, ponadto wzniósł południowe ramie transeptu, z reprezentacyjnym wejściem do świątyni oraz dolne partie wieży południowej. W latach 60. i 70. ukończył kaplicę św. Wacława (bogato zdobioną), którą Karol nakazał postawić przy południowo-zachodnim narożniku prezbiterium ponad dawnym miejscem pochówku św. Wacława (szczątki świętego złożono w nowym grobowcu). Jednocześnie trwała budowa Złotej Bramy, stanowiącej dzisiaj wejście do katedry od południa – na jej fasadzie umieszczona została w latach 1370–1371 mozaika przedstawiająca scenę Sądu Ostatecznego.
W 1385 r. zamknięty został pierwszy etap budowy katedry – wyświęcone zostało jej prezbiterium, prowizorycznie zamknięte od zachodu (to prowizoryczne zamknięcie miało jednak przetrwać kilka stuleci). Architekt dostosował się do poprzednika jedynie w zakresie planu i ogólnej koncepcji francuskiego gotyku katedralnego, zaś formę architektoniczną zarówno zewnątrz i wewnątrz radykalnie zmienił. Zrezygnował z zasady ścisłej symetrii, zróżnicował formy kaplic chóru.