Warunkiem jest jednak fakt, że jeśli ona postanowi tymczasowo oderwać się od pracy w Jeffersonian Institute, Booth będzie w tym samym czasie na wojnie w Afganistanie. Oboje zgadzają się na ten układ. Angela i Hodgins biorą ślub. Wszyscy współpracownicy są zadowoleni, gdyż oboje od dawna darzyli się uczuciem. Seria kończy się pożegnaniem przyjaciół na lotnisku. Seeley Booth leci na misję w Afganistanie. Temperance Brennan - na badania, razem z byłą dziewczyną Sweetsa. Angela Montenegro i Jack Hodgins jadą do Paryża w podróż poślubną.
Szósta seria (23 odcinki) W Jeffersonian Institute została sama Cam. Nie radzi sobie ona z rozwiązywaniem spraw i przez to spada skuteczność jej pracy. Media zaczynają kpić sobie z instytutu oraz dociekają, czemu Cam nie radzi sobie ze swoimi obowiązkami. Camille prosi wszystkich, aby wrócili do kraju i przedstawia sytuację. Angela i Hodgins spodziewają się dziecka. Ten fakt zmusza Brennan do szybszego podejmowania decyzji o macierzyństwie, jednak nie dzieli się z nikim swoimi przemyśleniami. Booth znajduje sobie drugą połówkę - Hannę, dziennikarkę. Temperance jest szczęśliwa i nie rozumie, czemu wszyscy jej współczują. Tym bardziej że zdążyła zaprzyjaźnić się z nową dziewczyną Seeleya. Sezon szósty oparty jest bardziej na relacjach Bootha z Brennan niż którykolwiek inny.