Również w tej serii dochodzi do zabójstwa "Grabarza" - kobiety, która próbowała w drugiej serii zabić Hodginsa i Brennan, którzy byli uwięzieni pod ziemią. W ostatnim odcinku przed finałem dochodzi do zabójstwa stażysty - Vincenta - który był ulubionym "dziwakiem" wszystkich pracujących w instytucie, szczególnie Bones, która jest załamana. Przez strach o swoje życie i poczucie winy (spowodowane ostatnimi słowami podopiecznego) postanawia spędzić noc u Bootha. Okazuje się, że zaszło między nimi coś, co na zawsze zmieni ich stosunki. W odcinku finałowym Angela rodzi syna - Michaela. Wszyscy przyjaciele gratulują młodym rodzicom. Temperance postanawia porozmawiać z Boothem o roli dziecka w życiu. Booth tłumaczy jej, jakie to szczęście, ale i obowiązki niesie rodzicielstwo. W końcu Temperance zadowolona z podejścia Bootha oświadcza mu, że jest w ciąży, a ojcem dziecka jest on sam.
Siódma seria (13 odcinków)