Do największych zatok należą: Zatoka Wenecka, Zatoka Triesteńska, Zatoka Kvarnerska, Zatoka Manfredonia i Zatoka Kotorska. Wzdłuż wybrzeża występują także liczne mniejsze zatoki, kanały między wyspami oraz zalewy, między innymi Laguna Wenecka, laguny Grado i Marano oraz zatoki związane z ujściami rzek północnych Włoch.
Batymetria mały|lewo|Batymetria Morza Adriatyckiego
Dno Adriatyku dzieli się na trzy główne części: basen północny, środkowy i południowy. Północny Adriatyk jest rozległym i płytkim obszarem szelfowym. W pobliżu północno-zachodniego krańca morza głębokość wynosi około 15–30 m, a w kierunku linii łączącej Ankonę i Zadar stopniowo wzrasta do około 100 m.
W środkowej części morza znajduje się Rów Jabucki, nazywany też depresją Pomo, składający się z kilku zagłębień osiągających około 260–270 m. Od basenu południowego oddziela go próg Palagruža, którego głębokość wynosi około 170 m. Najgłębszym obszarem jest Basen Południowoadriatycki, w którym głębokość dochodzi do około 1270 m. W kierunku Cieśniny Otranto dno ponownie się wypłyca, tworząc próg o głębokości około 780 m.