Upamiętnienie Biskup Jan Lipski ufundował w kościele franciszkańskim ołtarz z jego wizerunkiem, którego autorem jest Jan Hak z Chojnic. Obraz ten został przyozdobiony herbem biskupim oraz łacińską inskrypcją:
Na jego cześć powstał też specjalny hymn w języku staropolskim:
W ikonografii przedstawiany jest on w habicie franciszkańskim, przede wszystkim z płonącą świecą (pochodnią) w ręku, czasami także z księgą. Jego wizerunki pochodzące z XVIII wieku znajdują się w zakrystii kościoła franciszkanów pw. św. Antoniego w Łodzi-Łagiewnikach oraz od 2011 w Muzeum Ziemi Chełmińskiej w Chełmnie. Jeden z jego wizerunków znajduje się też w jego rodzinnej miejscowości Łobdowie. Ponadto jego wizerunek jest też w kaplicy biskupiej w Pelplinie. W 2015 po przekazaniu jego relikwii do katedry toruńskiej umieszczono w niej również jego wizerunek autorstwa Ewy Miki-Tomczuk.
W kaplicy koszalińskiego klasztoru franciszkanów, dzięki o. Piotrowi Mielczarkowi OFMConv. wbudowano witraż z podobizną o. Jana Łobdowczyka OFMConv.
W 1610, kiedy do Chełmna przybyli flisacy protestanccy, którzy twierdzili, że ukazał się im o. Jan Łobdowczyk OFMConv. i polecił odbyć pielgrzymkę do swego grobu, stał się on później (początek XVII wieku) ich patronem, jak również i żeglarzy.