Formalne starania o zatwierdzenie jego kultu przez Stolicę Apostolską nie zakończyły się pomyślnie. Kolejne starania o wyniesienie go na ołtarze podjął biskup chełmiński Wojciech Stanisław Leski. W 1751 nakazał on wystawić na widok publiczny jego relikwie oraz zadbać o wpisanie do ksiąg znajdujących się w konwencie informacji o uzdrowieniach oraz łaskach otrzymanych za jego przyczyną. W 1755 z myślą o jego beatyfikacji, biskup dokonał kanonicznego rozpoznania (rewizji) jego relikwii. Kolejne działania zmierzające do beatyfikacji podjął w latach 1771–1780 prokurator zakonu franciszkanów do spraw beatyfikacyjnych o. Pankracy Kalitowicz OFMConv., ale i one zakończyły się niepowodzeniem.

W 1880 ks. Jakub Fankidejski opisał miejsca słynące kultem religijnym w diecezji chełmińskiej, pisząc o nim następujące słowa:

Można przyjąć, że jego proces beatyfikacyjny nie został nigdy zakończony, dlatego nazywa go się błogosławionym. Kiedy w 1987 postulator generalny ks. Jerzy Mrówczyński CR, wydał książkę pt. Polscy kandydaci do chwały ołtarzy, umieścił w niej pośród 113 osób oczekujących na beatyfikację także o. Jana Łobdowczyka OFMConv.