W 1939 jako podporucznik rezerwy został zmobilizowany i walczył w kampanii wrześniowej. Został wzięty przez Niemców do niewoli i po przejściu przez kilka obozów przejściowych, został osadzony w Oflagu VII A Murnau. Był uwięziony przez cały okres trwania II wojny światowej. W oflagu prowadził wykłady dokształcające z astronomii, matematyki i języka rosyjskiego. Razem z malarzem Bohdanem Urbanowiczem był współzałożycielem obozowych liceów ogólnokształcącego i matematyczno-przyrodniczego. Nie przyznał się do niemieckiego pochodzenia, co pozwoliłoby mu opuścić obóz. Po oswobodzeniu z obozu przebywał krótko w Paryżu. We wrześniu 1945 powrócił do Warszawy i prowadził wykłady z astronomii ogólnej na Uniwersytecie Warszawskim (UW) oraz fizyki i matematyki na Politechnice. W 1946 opublikował skrypt Astronomia ogólna, przygotowany podczas uwięzienia w oflagu. Wydanie ponowiono w 1949. W 1947 otrzymał stypendium Instytutu Szwedzkiego, które umożliwiło mu staż w Obserwatorium Sztokholmskim w Saltsjöbaden pod kierunkiem Bertila Lindblada. W Obserwatorium Sztokholmskim zebrał bogaty materiał spektroskopowy dla cefeid δ Cephei i η Aquilae, którego analiza posłużyła mu za podstawę pracy habilitacyjnej. Habilitował się w 1948 na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu na podstawie pracy pt. „O przesunięciach linij w widmie δ Cephei”.