Historia Stanowisko Warka zasiedlone było od końca V tys. p.n.e. do czasów arabskiej inwazji w VII w. n.e. Gdy zostało ono zasiedlone, Eufrat i Tygrys nie łączyły się jeszcze ze sobą, jak ma to miejsce współcześnie (wpadają do Zatoki Perskiej jako jedna rzeka – Szatt al-Arab), a wybrzeże Zatoki Perskiej leżało ok. 80 km bardziej na pn-zach. niż obecnie. Samo zaś stanowisko znajdowało się na obszarze dobrze nawodnionym, bagnistym, zalewowym.
Najwcześniejsze warstwy na stanowisku Warka nie zostały dokładnie przebadane, głównie z powodu wysokiego poziomu wód gruntowych. Najstarsze odkryte ślady zasiedlenia pochodzą z późnej fazy okresu Ubajd (koniec V tys. p.n.e.). Na obszarze dzielnicy E-ana odkryto pozostałości struktur z cegieł mułowych pochodzących z tego okresu. Odnaleziono też charakterystyczną dla tego okresu malowaną ceramikę i narzędzia z wypalonej gliny.
Stanowisko pierwotnie składało się z dwóch osiedli, Kulaby i Uruk, otaczających dwa sanktuaria, jedno poświęcone męskiemu bóstwu Anu, a drugie – żeńskiemu bóstwu Inana. Kulaba leżała w obszarze późniejszej dzielnicy ziguratu boga Anu, a Uruk bardziej na wschód, w obszarze późniejszej dzielnicy E-ana.