Celem reformy emerytalnej z 1999 roku było rozwiązanie tego problemu.
Na sytuację finansową FUS negatywnie wpływają również metody naliczania składek w branżach tradycyjnie uprzywilejowanych od czasów PRL. Np. w górnictwie płatnicy składek (czyli kopalnie, w tym także prywatne, jak Bogdanka czy Silesia) odprowadzają za swoich pracowników składki w wysokości nieproporcjonalnie małej w stosunku do świadczeń wypłacanych później z FUS. Poza uprzywilejowanymi zasadami opłacania składek, sektor górniczy wielokrotnie korzystał także z odroczeń lub umorzeń zaległości wobec ZUS.
W latach 90. FUS był nadal corocznie dofinansowany ze skarbu państwa kwotami sięgającymi 16 mld nowych złotych (1995). Zgodnie z prognozami, przy utrzymaniu starego systemu, w 2020 roku składka musiałaby wzrosnąć do 70% wynagrodzenia.
Według prognoz ZUS w latach 2009–2012 na wypłatę emerytur miało zabraknąć 157–265 mld złotych.
FUS co jakiś czas zaciąga krótkoterminowe kredyty komercyjne w celu zachowania płynności finansowej.