operacyjnych: m.in.: płk Stefan Bosek, płk Kazimierz Mochol, płk Cezary Lipert, płk Roman Oziębała, płk Marek Kwasek, z-ca ds. informacji i kontaktów międzynarodowych: dr inż. Mariusz Marczewski (cywil) z-cy ds. wywiadu: m.in.: płk Krzysztof Łada.
Organizacja WSI Zarząd Kontrwywiadu: powstał na bazie pionu kontrwywiadu byłej WSW (Zarząd I WSW), kierowali nim m.in.: płk Aleksander Lichocki 1988-1991(WSW/WSI), płk Lucjan Jaworski 1991-1993, kmdr Kazimierz Głowacki 1993-1996, płk Roman Januchta 1996, płk Marek Mackiewicz 1997, płk Kazimierz Mochol 1997-1998 Zarząd Wywiadu: utworzony na bazie byłego Zarządu II SG WP; kierowali nim m.in.: płk Konstanty Malejczyk 1992-1994, płk Cezary Lipert 1994-97. Biuro Studiów i Analiz: kierowane m.in. przez: płk. Stanisława Woźniaka, płk. Zenona Bilewicza 1999-2002, podczas reorganizacji służb cywilnych część BSiA włączono do Agencji Wywiadu. Biuro Ataszatów Wojskowych: a w nim: Oddział Ataszatów Polskich: nadzór nad ich rolą poza rezydenturami wywiadu wojskowego Oddział Ataszatów Obcych Biuro Zabezpieczenia Technicznego: technika operacyjna, obserwacja Biuro Bezpieczeństwa Wewnętrznego (BBW): wewnętrzny kontrwywiad w strukturach organizacyjnych WSI, kontrola wewnętrzna WSI, ochrona informacji niejawnych WSI.