WSI jako służba specjalna nie posiadająca uprawnień dochodzeniowo - śledczych, nie zatrzymała żadnego szpiega, pozostawiając te kwestie w gestii UOP, a potem ABW.
Szefostwo i organizacja WSI Szefostwo Do wykonania zadań postawionych przed WSI, zarówno na terenie kraju, jak i poza jego granicami, służyły niżej wyszczególnione piony organizacyjne Inspektoratu WSI MON, stanowiącego centralę wojskowego wywiadu i kontrwywiadu, które początkowo składały się z:
szefa: kadm. Czesław Wawrzyniak (30 września 1991 – luty 1992) gen. bryg. Marian Sobolewski (2 kwietnia 1992 – 1 lipca 1992) gen. bryg. Bolesław Izydorczyk (1 lipca 1992 – 23 lutego 1994) gen. bryg. Konstanty Malejczyk (23 lutego 1994 – 26 marca 1996) kadm. Kazimierz Głowacki (26 marca 1996 – 21 grudnia 1997) gen. bryg. Tadeusz Rusak (21 grudnia 1997 – 25 października 2001) gen. bryg. Marek Dukaczewski (6 listopada 2001 – 4 listopada 2004) cz.p.o. gen. bryg. Janusz Bojarski (5 listopada 2004 – 6 grudnia 2004) gen. bryg. Marek Dukaczewski (6 grudnia 2004 – 14 grudnia 2005) gen. bryg. Janusz Bojarski (14 grudnia 2005 – 1 stycznia 2006) p.o. gen. bryg. Jan Żukowski (1 stycznia 2006 – 30 września 2006) zastępcami szefa WSI było wielu oficerów WSI, m.in. płk Jan Żukowski, z-cy ds.