7 marca 2013 zakończył pełnienie drugiej pięcioletniej kadencji.
Na początku marca 2013, kilka dni przed końcem drugiej kadencji, Senat wszczął procedurę impeachmentu poprzez przegłosowanie wniosku o postawienie prezydenta przed Sądem Konstytucyjnym. Za tą decyzją opowiedziało się 38 senatorów, a 30 było przeciw. Wnioskujący zarzucali prezydentowi uchybienia i naruszenia konstytucji, m.in. niezapełnienie wakatu w Sądzie Konstytucyjnym i niepodpisanie unijnego traktatu o funduszu ratunkowym dla strefy euro pomimo ratyfikacji przez parlament i przyjęcia przez rząd. Głównym punktem oskarżenia była natomiast ogłoszona w styczniu 2013 amnestia, która objęła 17 tysięcy skazanych. Opozycja zarzuciła prezydentowi przygotowanie amnestii celem wypuszczenia z więzień skorumpowanych biznesmenów, o związki z którymi go posądzano. W przypadku skazania Klaus straciłby możliwość kandydowania w wyborach i prezydencką emeryturę. Václav Klaus uważał natomiast, że amnestia, która w dużym stopniu objęła osoby podejrzane o przestępstwa gospodarcze, była uzasadniona z uwagi na to, że niepowodzenie w działalności gospodarczej nie jest tożsame ze świadomym oszustwem. Ponadto objęła ona też postępowania, które trwały dłużej niż 8 lat, co zdaniem prezydenta świadczyło o nieudolności wymiaru sprawiedliwości, która ośmieszała państwo.