W przedterminowych wyborach w tym samym roku polityk z powodzeniem ubiegał się o reelekcję. Najwięcej mandatów uzyskali wówczas socjaldemokraci Miloša Zemana, który stanął na czele mniejszościowego rządu – jego wybór umożliwiło porozumienie z ODS. Václav Klaus w jego ramach objął w lipcu 1998 funkcję przewodniczącego Izby Poselskiej, którą pełnił do końca kadencji w lipcu 2002. W wyborach w 2002 po raz trzeci zdobył mandat deputowanego. ODS ponownie przegrała wówczas z socjaldemokratami. Na jej czele stanął Mirek Topolánek, a Václav Klaus został honorowym przewodniczącym partii.
Prezydent Czech W 2003 kandydował w dokonywanych przez parlament wyborach prezydenckich. W głosowaniach ze stycznia nie uzyskiwał większości. W głosowaniu z 28 lutego otrzymał natomiast 142 głosy, pokonując reprezentującego socjaldemokratów Jana Sokola. Jego wybór na urząd prezydenta umożliwili wówczas dość niespodziewanie parlamentarzyści z Komunistycznej Partii Czech i Moraw. Václav Klaus stanowisko to objął 7 marca 2003. W trzecim głosowaniu podczas drugiej sesji z 15 lutego 2008 został wybrany na drugą kadencję. Otrzymał wówczas 141 głosów, pokonując kandydata Czeskiej Partii Socjaldemokratycznej Jana Švejnara.