Kościół katolicki (1919-1940) W 1919 polskie władze przekazały opuszczoną świątynię katolikom obrządku łacińskiego. Dawna cerkiew stała się kościołem rektoralnym dla parafii Trójcy Świętej i Wniebowzięcia NMP w Biłgoraju. W tym samym roku został przeprowadzony remont, w wyniku którego zatarte zostały stylowe cechy obiektu, nadające mu dotąd cerkiewny charakter. Niedługo później powstały też malowidła na ścianach prezbiterium, nawiązujące do wydarzeń wojny polsko-bolszewckiej oraz do obrony Jasnej Góry.
W latach 1929–1940 rektorem kościoła był ks. Jan Samolej.
Podczas działań wojennych w 1939 Biłgoraj został zrujnowany, a parafialny kościół Trójcy Świętej i Wniebowzięcia NMP uległ pożarowi. Kościół św. Jerzego nie odniósł wtedy znacznych strat. W związku ze zniszczeniami, które miały miejsce w głównej świątyni, niewielki kościół św. Jerzego stał się miejscem odprawiania nabożeństw dla całej parafii. Funkcję tę pełnił do 1940, kiedy okupacyjne władze niemieckie zadecydowały o odebraniu kościoła katolikom i o przekazaniu go ponownie w ręce prawosławnych.