W okresie zaboru rosyjskiego (w Biłgoraju trwał on w latach 1815-1915) władze rosyjskie prowadziły politykę prześladowania wiernych kościoła unickiego, jednocześnie próbując rozszerzać wpływy cerkwi prawosławnej. Działania te szczególnie nasiliły się po upadku powstania styczniowego w 1864. Efektem tego procesu była likwidacja unickiej eparchii chełmskiej w 1875. W wyniku likwidacji macierzystej diecezji unicka cerkiew św. Jerzego w Biłgoraju została przemocą zamieniona w świątynię prawosławną.
Cerkiew prawosławna (1875-1916) Funkcję cerkwi dla prawosławnych obecny kościół św. Jerzego pełnił od 1875. W czasie I wojny światowej (1914-1918) Biłgoraj został zajęty przez wojska austro-węgierskie, a Rosjanie po raz ostatni opuścili miasto w 1915. Rozpoczął się wówczas proces tzw. bieżeństwa: ludność wyznania prawosławnego uciekała na wschód, próbując się dostać na tereny będące pod jurysdykcją rosyjską. W 1916 cerkiew św. Jerzego opuścił ostatni prawosławny proboszcz, a świątynia została zamknięta.