Zespoły, które pojawiły się w latach 90., np. Pain of Salvation, Opeth, Ayreon, Tool i Symphony X, wykreowały, każdy z osobna, swój własny styl, odchodząc od klasycznych brzmień Dream Theater i Fates Warning. Pain of Salvation i Opeth zaczerpnęły z mniej znanych zespołów progresywno-rockowych z lat 70., Tool przejął elementy od King Crimson, łącząc je z wpływami alternatywnego rocka. Ayreon został przy tradycyjnych tematach metalu progresywnego, ulegając jednak wpływom opery rockowej, zaś Symphony X stworzyła połączenie power metalu z elementami progresywnymi, likwidując lukę pomiędzy tymi podgatunkami.
Również ważne dla rozwoju gatunku było położenie większego nacisku na aspekty techniczne, zapoczątkowane w latach 80. Na czele stały zespoły takie, jak Watchtower, Atheist i Cynic, które pokazały w swoich piosenkach dużą złożoność kompozycji i wirtuozerię w części instrumentalnej. Jednak grupy te nie były określane jako progresywnometalowe. Atheist i Cynic, mimo stosowania w swojej muzyce elementów jazzu, zaliczano głównie do death metalu ze względu na używanie growlu.