W 1893 roku otrzymał honorowe obywatelstwo Drohobycza.
W 1880 roku zrezygnował, z powodu złego stanu zdrowia, z użytkowania majątku Zubrza i przeniósł się do Lwowa. Od 1881 osiedlił się w Tomaszowcach na Podolu, majątku swego syna – Kordiana. Ostatnie lata życia Ujejskiego związane są z Pawłowem, gdzie w roku 1883 odwiedził drugiego syna – Romana. Zmarł 19 września 1897 w Pawłowie lub Chojołowie. W krakowskim środowisku artystycznym powstał pomysł pochowania go na Skałce. Nie było to zgodne z wyrażaną za życia przez poetę wolą spoczęcia na wiejskim cmentarzu, po cichym i skromnym obrzędzie (bez lwowskich fanaberii i parady). Ujejski chciał też, by mowę na jego pogrzebie wygłosił ksiądz proboszcz z Radziechowa, z którym był zaprzyjaźniony. Wolę tę spełniono częściowo. Pochowano go w Pawłowie w niemurowanym a wykopanym grobie, ale podczas mocno rozbudowanej uroczystości. Według pamiętników Henryki Bartmańskiej (wnuczki poety) przyjechał ze Lwowa chór „Lutnia”, Sokoli lwowscy, delegacja słuchaczy Uniwersytetu i Politechniki, prezydent miasta Godzimir Małachowski i marszałek Kraju Stanisław hr. Badeni, z różnych miasteczek delegacje z wieńcami, księży polskich i ruskich około dwudziestu, tłumy młodzieży szkolnej oraz procesje z chorągwiami z okolicznych miejscowości.