W latach dziewięćdziesiątych Perrault zainteresował się powstającym wówczas gatunkiem baśni (conte de fées), który zaczął wówczas zdobywać wielką popularność na paryskich salonach. W roku 1694 ukazała się wierszowana Peau d’Âne (Ośla Skórka), zamieszczona w jednym zbiorze z publikowaną już wcześniej nowelą Grisélidis oraz bajką-fabliau Les Souhaits ridicules. W 1697 roku natomiast ukazał się prozatorski zbiór ośmiu baśni, zatytułowany Histoires ou contes du temps passé, zazwyczaj przypisywany Perraultowi, mimo że wydano go pod nazwiskiem jego najmłodszego syna Pierre’a Perraulta Darmancoura. Baśnie oparte były na wątkach ludowych lub zaczerpniętych z wcześniejszych włoskich zbiorów Giovanfrancesa Straparoli i Giambattisty Basilego. Ponieważ nie odwoływały się do tradycji antycznej, lecz do wzorców rodzimych i współczesnych, stanowiły gatunek par excellence nowożytny i były dla Perraulta argumentem w ideologicznym sporze z Boileau i innymi starożytnikami.
W 1699 roku córka pisarza Marie-Madeleine oraz syn Charles Samuel wytoczyli mu proces, żądając podziału spadku po matce. W roku 1700 zmarł najmłodszy syn Perraulta, Pierre Darmancour, a rok później ten sam los spotkał Marie-Madeleine.