Panegiryczna twórczość Perraulta szybko zwróciła uwagę Mazzariniego. Po jego śmierci zainteresował się nią nowy minister finansów Jean-Baptiste Colbert. Dzięki zdobytemu w ten sposób uznaniu oraz dzięki protekcji pisarza Jeana Chapelaina w lutym 1663 roku Perrault został sekretarzem nowo utworzonej przez Colberta Akademii Inskrypcji i Medali. Do jej zadań należało układanie dewiz umieszczanych na pomnikach i medalach upamiętniających działania Ludwika XIV, projektowanie zdobnictwa królewskich rezydencji oraz oprawy uroczystości. Od 1664 roku Perrault był również zastępcą Colberta na stanowisku nadintentendenta budowli i z jego ramienia nadzorował prace nad budową Wersalu. Począwszy od 1665 roku brał także udział w posiedzeniach reaktywowanej Akademii Malarstwa i Rzeźby, pełniąc funkcję pośrednika między artystami a Colbertem.
Kiedy Pierre Perrault popadł w długi i sprzeniewierzył dochody z podatków, aby je spłacić, Charles nie zdołał uratować go przed niełaską i utratą urzędu pomimo swych bliskich stosunków z Colbertem]. Z jego protekcji skorzystał natomiast inny z braci, Claude Perrault, z wykształcenia lekarz, a z zamiłowania architekt.