W 1995 roku Strunz ponownie został graczem Bayernu Monachium. Tym razem jego barwy reprezentował przez 6 lat. W tym czasie zdobył z zespołem Ligę Mistrzów (2001), Puchar UEFA (1996), Puchar Interkontynentalny (2001), 4 mistrzostwa Niemiec (1997, 1999, 2000, 2001), 2 Puchary Niemiec (1998, 2000) oraz 4 Puchary Ligi Niemieckiej (1997, 1998, 1999, 2000). W 2001 roku zakończył karierę.
Statystyki klubowe KlubSezonLigaLigaPuchar krajuEuropaInnePuchar ligi i Superpuchar Niemiec.SumaMeczeBramkiMeczeBramkiMeczeBramkiMeczeBramkiMeczeBramkiBayern Monachium1989/1990Bundesliga2052062–2871990/1991Bundesliga2671061113491991/1992Bundesliga1301010–150Ogólnie59 12 4 0 13 3 1 1 77 16VfB Stuttgart1992/1993Bundesliga3252130103861993/1994Bundesliga25310––2631994/1995Bundesliga22131––252Ogólnie79 9 6 2 3 0 1 0 89 11Bayern Monachium1995/1996Bundesliga2432092–3551996/1997Bundesliga1914220–2531997/1998Bundesliga1634140202641998/1999Bundesliga2444090203941999/2000Bundesliga901021–1212000/2001Bundesliga5010201090Ogólnie97 11 16 3 28 3 5 0 146 17Ogólnie w karierze235 32 26 5 44 6 7 1 312 44
Kariera reprezentacyjna W 1990 roku Strunz rozegrał 2 spotkania w reprezentacji RFN U-21. 10 października 1990 roku w wygranym 3:1 meczu ze Szwecją zadebiutował w seniorskiej kadrze Niemiec.