Departament WOP i wydziały przy okręgach wojskowych nie stanowiły w ścisłym tego słowa znaczeniu organów dowodzenia terenowymi jednostkami organizacyjnymi, jakimi były oddziały i podległe im komendy odcinków, strażnice i przejściowe punkty kontrolne. Były to instytucje nadzorująco-kontrolne. Rozkaz z 13 września powołał 17 samodzielnych kompanii łączności o stanie etatowym 99 wojskowych w każdej. Ten sam rozkaz zobowiązywał szefa Departamentu WOP do utworzenia w Ostródzie Zakładu Tresury Psów Służbowych o etacie 82 wojskowych.
Rozkaz organizacyjny Departamentu WOP z 29 września 1945 roku dokonał podziału granic państwa na odcinki oddziałów, komend i strażnic. Rozkaz ten określał także dyslokację oddziałów. Według wstępnych założeń oddział 1 rozlokować się miał w Żaganiu, 2 – w Rzepinie, 3 – w Stargardzie, 4 – w Gdańsku, 5 – w Węgorzewie, 6 – w Sokółce, 7 – we Włodawie, 8 – w Przemyślu, 9 – w Nowym Sączu, 10 – w Koźlu i 11 – w Bolkowicach. Średnio na oddział przypadało 321,6 km, na komendę 66,7 km, a na strażnicę 14,4 km granicy. Najdłuższe odcinki otrzymały oddziały 4 i 9.